Im 13. Jahrhundert teilte sich die Familie in Kronenstamm und Flügelstamm, die von Kronberg regierten ihr Territorium als Ganerben, als Erbengemeinschaft.
1389 kam es im Ersten Städtekrieg zur Auseinandersetzung mit der Stadt Frankfurt, der "Kronberger Fehde", die in der "Schlacht von Eschborn" mündete. Verbündet mit Ruprecht von der Pfalz, unternahmen die Herren von Kronberg mehrfach Übergriffe auf Frankfurter Gebiet. Als im Mai 1389 ein Frankfurter Aufgebot vor Kronberg zog, um im Gegenzug drohend dort Schaden anzurichten, wurde es am 14. Mai von den Truppen des Pfalzgrafen, unterstützt durch die Kronberger, geschlagen. Über 600 Frankfurter wurden gefangen genommen und gegen ein Lösegeld von 73.000 Gulden freigelassen.
Bis 1704, als mit dem Tod des Johann Nicolaus von Kronberg die Familie erlosch, blieben die von Kronberg Herren über ihre Stadt. Mit einer Ausnahme: Hartmut XII. von Kronberg, Anhänger der Reformation, hatte sich an der Seite Franz von Sickingens in den sogenannten Ritterkrieg gegen den Erzbischof von Trier begeben. 1522 wurde Kronberg belagert, Hartmut musste kapitulieren und floh. Kronberg kam daraufhin unter die Herrschaft des Landgrafen Philipp von Hessen, der in seinen Landen, also auch in Kronberg, 1526 die Reformation durchführte. 1541 erhielten die von Kronberg ihr Reichslehen zurück, die Fortdauer des lutherischen Glaubens in Kronberg wurde vertraglich festgeschrieben.
Die Mitglieder der Familie von Kronberg gehörten unterschiedlichen Konfessionen an. Der von 1650 bis 1692 in Kronberg residierende katholische Kraft Adolf Otto förderte das Entstehen und Wachsen eines katholischen Bevölkerungsanteils.